Bryła ma charakter neorenasansowy. Wykonano ją z czerwonej cegły z kamiennymi detalami. Centralną część, na skrzyżowaniu naw z transeptem, wieńczyła potężna kopuła. Pośrodku ściany frontowej znajdowało się okno z charakterystyczną rozetą. Przestronne wnętrze przykryte było sklepieniem żaglowym i mogło pomieścić blisko dwa tysiące osób.
Niestety, świątynia, która miała być symbolem pojednania stała się wkrótce symbolem końca gminy żydowskiej w Gdańsku. Szykanowani zostali zmuszeni do sprzedarzy nieruchomości w 1939 roku za 330 tys. guldenów, co stanowiło około jednej trzeciej realnej wartości. Żydom pozwolono na wywóz majątku ruchomego. Wyjątkowa kolekcja judaików Giełdzińskiego trafiła do Nowego Jorku. Do Jerozolimy trafiło archiwum gminy. Z kolei biblioteka została wywieziona do Wilna. Początkowo nazistowskie władze Gdańska chciały przerobić synagogę na salę gimnastyczną, ale ostatecznie rozebrano ją. Tuż przed rozbiórką pojawił się obrzydliwy napis: "Przybądź kochany maju i uwolnij nas od Żydów".