Mord, fragment hitlerowskiej polityki likwidacji polskiej inteligencji i polskiego „elementu przywódczego”, był zaplanowany znacznie wcześniej. Można go uznać za kontynuację tzw. akcji „Inteligencja” („Intelligenzaktion”), prowadzonej od września 1939 r. Niemcy byli w posiadaniu m.in. donosów i list proskrypcyjnyh stworzonych przez byłych studentów związanych z Organizacją Ukraińskich Nacjonalistów. 2 lipca do Lwowa przybył oddział Einsatzkommando zur besonderen Verwendung (Oddział specjalnego przeznaczenia) dowodzony przez SS-Brigadefuehrera Eberharda Schöngartha. Zakwaterował w dawnej szkole kadetów, położonej niedaleko cytadeli i kilkaset metrów od Wzgórz Wuleckich.
„Jednego mniej”
Sygnałem do rozprawy z polskimi profesorami było aresztowanie – już 2 lipca – prof. Kazimierza Bartla, w przeszłości kilkukrotnego premiera RP. Po innych akademików Niemcy przyszli następnego dnia i wieczorem 3 lipca wtargnęli do ich domów. Nie obyło się bez pomyłek – błędy obejmowały wykazy nazwisk, a dane były niejednokrotnie zdezaktualizowane, co sprawiło, że w ręce oprawców trafiały osoby, które nie figurowały na liście. Ponadto część uczonych, których Niemcy planowali schwytać, w chwili aresztowań już nie żyła. Podczas akcji dochodziło do aktów grabieży i wandalizmu. Aresztowani naukowcy byli pracownikami trzech głównych lwowskich uczelni: Uniwersytetu Jana Kazimierza, Politechniki Lwowskiej oraz Akademii Medycyny Weterynaryjnej. Byli terroryzowani, traktowani niezwykle brutalnie, nierzadko poniżani. W nocy przewieziono ich ciężarówkami do Bursy Abrahamowicza, gdzie mieściła się tymczasowa siedziba Gestapo. W sumie aresztowano tego dnia 52 osoby. Zachowało się kilka relacji z tamtych wydarzeń. Najbardziej znana jest relacja prof. Franciszka Groëra (zawarta w tomie „Kaźń profesorów lwowskich – lipiec 1941”): „Głowy kazali nam opuścić w dół. Jeżeli ktoś się poruszył, uderzali go kolbą albo pięścią w głowę. (…) Mniej więcej co 10 minut z piwnicy budynku dobiegał krzyk i odgłosy wystrzałów, a jeden z pilnujących nas Niemców wypowiadał po każdym wystrzale: „Einer weniger” („jednego mniej”), co raczej uważałem za próbę zastraszenia nas”. Podczas przesłuchania prof. Groëra oskarżono o zdradę „Niemczyzny”, ten jednak odrzucił te zarzuty, stwierdzając, że jest Polakiem, a nie Niemcem, mimo że skończył niemiecki uniwersytet. Po przesłuchaniu profesora pozwolono mu jako jedynemu wyjść na podwórze. Przed końcem godziny policyjnej zwolniono go z więzienia wraz z pięcioma osobami ze służby i woźnym z Politechniki. Zwolnienie prof. Groëra było prawdopodobnie spowodowane obawą nazistów przed krytyką opinii międzynarodowej.
Mord metodyczny
Po przesłuchaniu zatrzymanych, 4 lipca we wczesnych godzinach, aresztowanych przetransportowano na miejsce kaźni – na Wzgórza Wuleckie. Tam ich rozstrzelano. Znamy dziś nazwiska odpowiedzialnych ta ten mord specjalny z oddziału Einsatzkommando. Egzekucję nadzorował Schoengarth, a uczestniczyli w niej m.in. Walter Kutschmann, Kurt Stawizki, Felix Landau oraz współpracujący z nazistami Holender, Pieter Nikolaas Menten. Od niemieckich kul zginęło 40 osób, wśród nich m.in. profesorowie: Antoni Cieszyński, Władysław Dobrzaniecki, Jan Grek, Jerzy Grzędzielski, Edward Hamerski, Henryk Hilarowicz, Włodzimierz Krukowski, Roman Longchamps de Berier, Antoni Łomnicki, Witold Nowicki, Tadeusz Ostrowski, Stanisław Piłat, Stanisław Progulski, Roman Rencki, Włodzimierz Sieradzki, Adam Sołowij, Włodzimierz Stożek, Kazimierz Vetulani, Kasper Weigel, Roman Witkiewicz oraz Tadeusz Boy-Żeleński. Świadek, inż. Karol Cieszkowski wspominał: „Mniej więcej w połowie zbocza zobaczyłem nad wykopaną jamą cztery cywilne osoby zwrócone twarzą do zbocza, a plecami do mnie. Za plecami tych osób stali czterej niemieccy żołnierze z karabinkami w ręku, a obok nich oficer. Zapewne na słowną komendę tego oficera żołnierze równocześnie strzelili i wszystkie cztery osoby wpadły do jamy. Wówczas sprowadzono z góry ścieżką nowe cztery osoby i cała scena dokładnie się powtórzyła” („Kaźń profesorów lwowskich - lipiec 1941”). Mordy kontynuowano przez następne dni. 5 lipca rozstrzelany został m.in. dr med. Stanisław Mączewski, a 12 lipca profesorowie Henryk Korowicz i Stanisław Ruziewicz. W nocy z 25 na 26 lipca, najprawdopodobniej na Piaskach Janowskich, został zamordowany prof. Kazimierz Bartel.
Ukrywanie śladów
Po klęsce pod Stalingradem Niemcy podjęli decyzję o ukryciu zbrodni. W tym celu sformowali z Żydów oddział – tzw. „Sonderkommando 1005”, który rozkopywał masowe groby, mielił wydobyte kości w przenośnych młynach i palił je. 8 października 1943 r. członkowie oddziału wydobyli zwłoki profesorów i zawieźli je na stos w Lesie Krzywczyckim. Następnego dnia ciała spalono wraz z innymi trupami. Popioły rozrzucono po okolicznych polach. Wedle niepotwierdzonych przekazów Żydzi z komanda zaciekawieni eleganckim ubiorem pomordowanych, znaleźli w ubraniach dokumenty wskazujące, że byli to polscy profesorowie. Po wojnie wydarzenie opisał w swoim pamiętniku Leon Weliczker, jeden z członków komanda, któremu udało się przeżyć. Zamordowani Polacy nigdy nie doczekali się zatem godnego pochówku, a sprawców zbrodni nie udało się osądzić, choć kwestia tego mordu była m.in. przedmiotem obrad Międzynarodowego Trybunału Wojskowego w 1946 r. w Norymberdze. W 1959 r. w Ludwigsburgu ruszyło dochodzenie prowadzone przez Centralę Krajowych Zarządów Wymiaru Sprawiedliwości do Wyjaśnienia Zbrodni Narodowosocjalistycznych. W 1983 r. zostało ono jednak umorzone. Powodem była niemożność przesłuchania jednego z głównych sprawców zbrodni – Waltera Kutschmanna, który ukrywał się w Argentynie.
