Pierwszy dokument dotyczący tej świątyni pochodzi z 1323 roku i mówi o istniejącej od lat świątyni w Pręgowie. Początkowo była to samodzielna parafia. Kolejne dokumenty świadczą, że w 1396 roku kościół przeszedł pod opiekę klasztoru Brygidek w Gdańsku - otrzymały one darowiznę od mistrza Zakonu Krzyżackiego w Malborku. Wraz z patronacką świątynią klasztorowi przekazano wieś Pręgowo.
Kościół jest salowy, trzyosiowy na planie wydłużonego prostokąta, z niewydzielonym prezbiterium, do którego od strony północnej przylega zakrystia. Na osi nawy głównej, od południa jest kruchta, od zachodu wieża. Zrąb kościoła zbudowany jest z okrągłych i owalnych kamieni zbieranych na okolicznych polach. Szczyty i okolenia okien wymurowano z cegieł.
Wieża świątyni powstała około 1739 r., zbudowana jest z pruskiego muru. Kościołów z nieociosanych kamieni było w Europie wiele. Prawie wszystkie zdążyły się już skruszeć, bowiem mury z okrągłych kamieni są nietrwałe.
Ciekawe jest również wybranie miejsca na posadowienie kościoła na środku wsi, na wzgórzu porośniętym drzewami, nieopodal Raduni i przy brodzie na rzece ułatwiającym dojazd do Pręgowa.
Dziś jest to stare koryto rzeki, zbierające wodę z Reknicy, bowiem główny nurt skierowany został do elektrowni wodnej w Bielkowie. W pobliżu rozciągały się lasy sosnowo-dębowe, po latach wyrąbane, a tereny przeznaczono na pola uprawne.
W XVII wieku historia świątyni w Pręgowie splata się jeszcze ściślej z Gdańskiem. Była filią gdańskiego kościoła Mariackiego, a od 1683 do 1859 roku związana z parafią Kaplicy Królewskiej w Gdańsku. Parafia ta pełniła kluczową rolę w gdańskim dekanacie wiejskim. W XIX wieku pod jej patronatem znajdowały się filialne kościoły w Czapielsku i w Żuławie.
Do majątku kościoła w Pręgowie zaliczano: gospodę, teren, na którym znajdował się młyn i dobra parafialne Popówka. Gospoda parafialna znajdowała się obok kościoła. Napędzany dwoma trybami, młyn spłonął w 1851 roku i został obudowany w 1853 r. Podczas budowy wodociągu w 1869 roku strumień, który napędzał młyn, wysechł. W 1922 roku do kościoła doprowadzono elektryczność.
Świątynię dotknęły trzy nieszczęśliwe wypadki:
- w 1875 i 1909 roku uderzyły w kościół pioruny, nie wyrządziły jednak większych szkód,
- w 1923 roku, w nocy z 10 na 11 lutego, ukradziono ze świątyni kielich mszalny, krucyfiks z głównego ołtarza i wieczną lampkę.
Przy pręgowskiej parafii istniały dwa bractwa - Opatrzności Boskiej (od 1763 r.) i trzeźwości (od 1858 r.). Od 1915 r. proboszczem parafii pręgowskiej był ks. Brunon Lemke, który z okazji 600 lat istnienia wsi i kościoła napisał „Kronikę Pręgowa, w dolinie Raduni”.
Kościół, chociaż średniowieczny, dzisiejsze wyposażenie zawdzięcza głównie wsparciu parafian w XVII wieku. W kościele znajduje się manierystyczny ołtarz główny z około 1640 roku, uzupełniony w końcu XIX wieku. W jego polu głównym umieszczona jest „Ostania wieczerza”, w zwieńczeniu „Cudowne rozmnożenie chleba” z XVIII wieku.
Ołtarze boczne barokowe z końca XVII wieku, w lewym ołtarzu średniowieczne figury gotyckie św. Doroty i św. Małgorzaty z końca XIV wieku, w prawym św. Wawrzyńca i nieokreślonej zakonnicy.
W kościele znajdują się ponadto:
- ambona neogotycka z 1856 r.,
- chrzcielnica drewniana barokowa z XVIII wieku,
- w kruchcie kropielnica granitowa z połowy XIV wieku,
- w prezbiterium ława rokokowa z XVIII wieku, zdobiona płaskorzeźbą z Arką Noego.
Kilkanaście lat temu odkryto zabytkowe freski z początków istnienia świątyni.
Kościołem i wspólnotą w Pręgowie opiekuje się dziś ks. kan. Adam Zelewski, proboszcz od 2010 roku. Do liczącej 2500 mieszkańców parafii należą dziś miejscowości: Pręgowo, Ostróżki, Bielkówko, Lisewiec i Żuławka.
Kościół w Pręgowie, wraz z otoczeniem, prezentuje się okazale, chociaż stale wymaga nakładów na konserwację zabytku. Niezwykle ciekawy, a pozostający nieco na uboczu głównych szlaków turystycznych to jeden z najładniejszych i najstarszych zabytków architektonicznych powiatu gdańskiego. To też jedna z najstarszych pomorskich parafii. W 2023 roku parafianie obchodzić będą 700-lecie pierwszego zapisu historycznego dotyczącego ich świątyni.
