Niemcy mieli konkretny plan na nowoczesne miasto i jego port. Najpierw przemianowali Gdynię - funkcjonujacą w niemieckojęzycznych dokumentach jako Gdingen - na Gotenhafen. Nazwa oznaczała „port Gotów”, nawiązując do germańskiego ludu z okresu wędrówek ludów, którego ślady archeologiczne z kultury oksywsko-wielbarskiej odkrywano w okresie międzywojennym. Następnie rozpoczęto pierwsze przesiedlenia II wojny światowej. Poza miasto została wysłana polska inteligencja oraz pracownicy handlu. Niemcy pozostawili w mieście robotników oraz szeroką warstwę pracowników wykwalifikowanych do obsługi portu.
Przekształcili port gdyński w bazę marynarki wojennej (niem. Kriegsmarine). Stał się on bazą remontowo-zaopatrzeniową dla jednostek wojennych i transportowych. Założono tu także ośrodek szkoleniowy dla załóg jednostek pływających oraz ośrodek budowy okrętów podwodnych.
Powodem, dla którego Gdynia stała się ostatecznie główną bazą Kriegsmarine, jest oddalenie od Wielkiej Brytanii. Niemieckie porty były zbyt blisko, ale i Gdyni odległość nie uratowała. Naloty rozpoczęły się w 1942 roku i były ponawiane wielokrotnie.
Niemcy ściągnęli nawet włoskich specjalistów wojskowych od wytwarzania… sztucznej mgły. Dzięki niej ciężej było celować w wojskowe cele w porcie. Na pobliskim lotnisku w Rumi stacjonowały myśliwce Luftwaffe, których zadaniem było przeganianie wrogów.
ZOBACZ TEŻ:
Rok 1934. Do Gdyni wpływa najpotężniejszy sowiecki pancernik na Bałtyku [GALERIA]
Jedno z większych bombardowań miało miejsce 9 października 1943 r. Wówczas sto sześćdziesiąt trzy amerykańskie bombowce zaatakowały porty w Gdańsku i Gdyni. Straty były poważne. Najwięcej między basenami portowymi I i IV. Zniszczono tory kolejowe łączące port z resztą miasta, tory na ostatnim odcinku magistrali Śląsk – Gdynia, zatopiono siedem statków handlowych. Uszkodzono stocznię, wydzieloną strefę handlową, Dworzec Morski i pięć statków handlowych.
Całkowicie zniszczono bazę U-Bootów, holownik, ścigacz i pływający dok. W niewielkim stopniu zbombardowano basen portowy numer IX, w którym były pływające koszary i jednostki szkolne U-Bootów. Podobnych bombardowań, o nieco zaledwie miejszej skali, było wiele, ale szczęśliwie port przetrwał wojnę w zadowalającym stanie.