Wnikliwe zainteresowania naukowców dziejami klasztoru w Mogilnie trwają już od lat sześćdziesiątych XIX w. jednak jego przeszłość pozostaje wśród najbardziej spornych problemów w polskiej mediewistyce. Powodem są wyjątkowo skąpe i budzące wiele wątpliwości przekazy źródłowe.
W potocznych przekazach i informatorach turystycznych przeważa przekonanie, iż założycielami mogileńskiego klasztoru byli sprowadzeni tu w 1058 r. przez Bolesława II Śmiałego benedyktyni. Wątpliwości budzi również obszerna relacja Jana Długosza o początkach tego klasztoru. Znawcy tematu są zgodni, że jego opis pierwotnego uposażenia klasztoru, oparty na falsyfikacie z 1065 r., nie budzi zaufania.
Zdaniem Długosza, konwent ten przybył nad rzekę Pannę, która przepływa przez Mogilno, z podkrakowskiego Tyńca, a pierwszym jego opatem był pochodzący z Francji Mengoz, po nim zaś Rudger z Cluny. Niestety, do dziś nie znamy źródeł tych informacji, ani przekazów je potwierdzających. Mimo badań i licznych publikacji spory trwają, a wątpliwości nie znikają. Klasztor zbudowano nad Jeziorem Mogileńskim.
Pojawienie się benedyktynów w niewielkiej osadzie grodowej Mogilno wpłynęło znacząco na jej mieszkańców. Np. właściciele gospodarstw musieli uiszczać klasztorowi dziesięcinę, a w określone święta dostarczać jaja i drób. Na kmieciach ciążył też obowiązek pracy na ziemi klasztornej oraz pomocy w pracach budowlanych.
Podległość wobec zakonu utwierdził nawet przywilej lokacyjny Mogilna z 17 maja 1398 r. Odtąd przedstawicielem klasztoru w mieście stal się wójt, najczęściej dziedziczny. Ale już w 1413 r. wójt Andrzej został oskarżony o wrogie zamiary wobec konwentu i sąd rozjemczy zmusił go do ustąpienie za stanowiska. Na jego miejsce powstała rada miejska z burmistrzem, całkowicie zależnym od klasztoru.
Pięć lat później benedyktyni objęli urząd duszpasterski w pobliskim kościele św. Jakuba, zapewniając sobie znaczny wzrost dochodów. Ale uciążliwości zakonne co jakiś czas wywoływały protesty mieszczan. WXVIII w. oskarżyli oni opata, że karze poddanych cieleśnie, uniemożliwia swobodny wybór rady miejskiej i narusza ich prawo szynkowania.
Po kolejnej skardze mogilnian w 1750 r. opat Jakub Małowieski kazał uwięzić pisarza miejskiego, ławników i rajców i publicznie ich wychłostać rózgami po 50 do 200 razy.
W średniowieczu opactwo mogileńskie narażone było na częste napady i kradzieże, a zakonnicy zmuszeni do ucieczki. Postanowiono temu zapobiec, otaczając kościół i klasztor solidnym murem, zamurowano niższe okienka, zbudowano wieże z bocznymi przyporami.
Opactwo, przekształcone w okazałą warownię, zaczęli odwiedzać wyjątkowi dostojnicy. W 1299 r. gościł tu Władysław Łokietek, w latach 1402, 1422, 1424,1429 i 1430 - Władysław Jagiełło, a w 1448 r. arcybiskup gnieźnieński Wincenty Kot. Rosnące znaczenie opactwa potwierdza też powołanie przez papieża Jana XXII opata z lat 1306 - 1339 Mikołaja w skład sędziowski w słynnym procesie polsko-krzyżackim.
U schyłku średniowiecza klasztor był jednym z największym zakonnych właścicieli ziemskich. Systematycznie wzbogacała się też jego biblioteka, która w czasie kasacji obejmowała 1283 woluminy.
W1759 r. konwent mogileński miał 18 zakonników i pod tym względem zajmował przedostatnie miejsce wśród dziewięciu opactw kongregacji benedyktyńskiej. Więcej, bo 23, było ich tu tylko w 1797 r.
Wkrótce jednak rozpoczął się zamierzony przez zaborcę proces stopniowej zagłady zgromadzenia. Po śmierci opata Emibana Kosińskiego w 1816 r. władze pruskie zakazały mianowania jego następcy i przyjmowania nowych zakonników. W 1831 r. mogileński klasztor miał tylko trzech braci, a dwa lata później nastąpiła jego całkowita kasacja.
Kościół klasztorny stał się świątynią parafialną, a budynki klasztorne przekazano na potrzeby gminy i szkół.
Brak należytej opieki kolejnych ich użytkowników szybko pogarszał stan techniczny obiektów. Po latach starań z inspiracji arcybiskupa Henryka Muszyńskiego, wnikliwych badań i żmudnych prac remontowo-inwestycyjnych, nad którymi czuwał ks. dr Andrzej Panasiuk, dawny klasztor 11 lipca 2001 r. przekształcono w Europejskie Centrum Spotkań "Św. Wojciech-Adalbert".
Po latach zakonnicy powrócili do grodu nad Panną. Nie są to jednak benedyktyni, lecz kapucyni. W wyniku rozmów prowadzonych pomiędzy przedstawicielami kurii w Gnieźnie i Warszawskiej Prowincji Zakonu Braci Mniejszych Kapucynów, 19 grudnia 2013 r. zapadła decyzja o erygowaniu 1 stycznia przy parafii pw. Jana Apostoła, domu zakonnego tego ugrupowania. Metropolita gnieźnieński mianował brata Krzysztofa Lewandowskiego, dotychczasowego gwardiana klasztoru w Lublinie, proboszczem parafii w Mogilnie, a brata Grzegorza Sucheńskiego - wikariuszem.
Swoją posługę kapucyni rozpoczęli pasterką, zaś uroczyste wprowadzenie nowego proboszcza do klasztoru, z udziałem biskupa Krzysztofa Wętkowskiego odbyło się 1 stycznia.
W potocznych przekazach i informatorach turystycznych przeważa przekonanie, iż założycielami mogileńskiego klasztoru byli sprowadzeni tu w 1058 r. przez Bolesława II Śmiałego benedyktyni. Wątpliwości budzi również obszerna relacja Jana Długosza o początkach tego klasztoru. Znawcy tematu są zgodni, że jego opis pierwotnego uposażenia klasztoru, oparty na falsyfikacie z 1065 r., nie budzi zaufania.
Zdaniem Długosza, konwent ten przybył nad rzekę Pannę, która przepływa przez Mogilno, z podkrakowskiego Tyńca, a pierwszym jego opatem był pochodzący z Francji Mengoz, po nim zaś Rudger z Cluny. Niestety, do dziś nie znamy źródeł tych informacji, ani przekazów je potwierdzających. Mimo badań i licznych publikacji spory trwają, a wątpliwości nie znikają. Klasztor zbudowano nad Jeziorem Mogileńskim.
Pojawienie się benedyktynów w niewielkiej osadzie grodowej Mogilno wpłynęło znacząco na jej mieszkańców. Np. właściciele gospodarstw musieli uiszczać klasztorowi dziesięcinę, a w określone święta dostarczać jaja i drób. Na kmieciach ciążył też obowiązek pracy na ziemi klasztornej oraz pomocy w pracach budowlanych.
Podległość wobec zakonu utwierdził nawet przywilej lokacyjny Mogilna z 17 maja 1398 r. Odtąd przedstawicielem klasztoru w mieście stal się wójt, najczęściej dziedziczny. Ale już w 1413 r. wójt Andrzej został oskarżony o wrogie zamiary wobec konwentu i sąd rozjemczy zmusił go do ustąpienie za stanowiska. Na jego miejsce powstała rada miejska z burmistrzem, całkowicie zależnym od klasztoru.
Pięć lat później benedyktyni objęli urząd duszpasterski w pobliskim kościele św. Jakuba, zapewniając sobie znaczny wzrost dochodów. Ale uciążliwości zakonne co jakiś czas wywoływały protesty mieszczan. WXVIII w. oskarżyli oni opata, że karze poddanych cieleśnie, uniemożliwia swobodny wybór rady miejskiej i narusza ich prawo szynkowania.
Po kolejnej skardze mogilnian w 1750 r. opat Jakub Małowieski kazał uwięzić pisarza miejskiego, ławników i rajców i publicznie ich wychłostać rózgami po 50 do 200 razy.
W średniowieczu opactwo mogileńskie narażone było na częste napady i kradzieże, a zakonnicy zmuszeni do ucieczki. Postanowiono temu zapobiec, otaczając kościół i klasztor solidnym murem, zamurowano niższe okienka, zbudowano wieże z bocznymi przyporami.
Opactwo, przekształcone w okazałą warownię, zaczęli odwiedzać wyjątkowi dostojnicy. W 1299 r. gościł tu Władysław Łokietek, w latach 1402, 1422, 1424,1429 i 1430 - Władysław Jagiełło, a w 1448 r. arcybiskup gnieźnieński Wincenty Kot. Rosnące znaczenie opactwa potwierdza też powołanie przez papieża Jana XXII opata z lat 1306 - 1339 Mikołaja w skład sędziowski w słynnym procesie polsko-krzyżackim.
U schyłku średniowiecza klasztor był jednym z największym zakonnych właścicieli ziemskich. Systematycznie wzbogacała się też jego biblioteka, która w czasie kasacji obejmowała 1283 woluminy.
W1759 r. konwent mogileński miał 18 zakonników i pod tym względem zajmował przedostatnie miejsce wśród dziewięciu opactw kongregacji benedyktyńskiej. Więcej, bo 23, było ich tu tylko w 1797 r.
Wkrótce jednak rozpoczął się zamierzony przez zaborcę proces stopniowej zagłady zgromadzenia. Po śmierci opata Emibana Kosińskiego w 1816 r. władze pruskie zakazały mianowania jego następcy i przyjmowania nowych zakonników. W 1831 r. mogileński klasztor miał tylko trzech braci, a dwa lata później nastąpiła jego całkowita kasacja.
Kościół klasztorny stał się świątynią parafialną, a budynki klasztorne przekazano na potrzeby gminy i szkół.
Brak należytej opieki kolejnych ich użytkowników szybko pogarszał stan techniczny obiektów. Po latach starań z inspiracji arcybiskupa Henryka Muszyńskiego, wnikliwych badań i żmudnych prac remontowo-inwestycyjnych, nad którymi czuwał ks. dr Andrzej Panasiuk, dawny klasztor 11 lipca 2001 r. przekształcono w Europejskie Centrum Spotkań "Św. Wojciech-Adalbert".
Po latach zakonnicy powrócili do grodu nad Panną. Nie są to jednak benedyktyni, lecz kapucyni. W wyniku rozmów prowadzonych pomiędzy przedstawicielami kurii w Gnieźnie i Warszawskiej Prowincji Zakonu Braci Mniejszych Kapucynów, 19 grudnia 2013 r. zapadła decyzja o erygowaniu 1 stycznia przy parafii pw. Jana Apostoła, domu zakonnego tego ugrupowania. Metropolita gnieźnieński mianował brata Krzysztofa Lewandowskiego, dotychczasowego gwardiana klasztoru w Lublinie, proboszczem parafii w Mogilnie, a brata Grzegorza Sucheńskiego - wikariuszem.
Swoją posługę kapucyni rozpoczęli pasterką, zaś uroczyste wprowadzenie nowego proboszcza do klasztoru, z udziałem biskupa Krzysztofa Wętkowskiego odbyło się 1 stycznia.