Każdy podwyższony poziom wody w rzece był niebezpieczny. Z biegiem wieków, chętnych do zamieszkania na Żuławach było coraz więcej. W tamtych czasach, dzisiejsze tereny depresyjne zajmowało duże jezioro lagunowe. Sięgało od gdańskiej Oruni przez Przejazdowo i Koszwały do Cedrów Małych. Jezioro to miało połączenie z Zatoką Gdańską i było żeglowne. Był to szlak wodny do grodów i osad leżących nieopodal jego brzegów. Tę drogę wybierali kupcy płynący w okolice obecnego Pruszcza, Gdańska, Tczewa, Elbląga, o czym świadczą wykopaliska archeologiczne. Z czasem jezioro zaczęło się zamulać i nie nadawało się do żeglugi. A rolnicy zaczęli osuszać jego brzegi, usypując groble i kopiąc rowy.
Osuszanie Żuław na większą skalę rozpoczęło się pod panowaniem Krzyżaków, gdy pojawili się tu Holendrzy, doświadczeni w tej pracy. Usypano solidne wały nad brzegami Wisły, Motławy, Raduni, Czarnej Łachy, Bielawy i Kłodawy. W miejscu dawnego jeziora powstały groble, rowy odwadniające i kanały z wodą płynącą kilka metrów nad polami. Wodę z depresyjnych terenów do owych, obwałowanych kanałów i rzek tłoczyły pompy napędzane wiatrakami. Po latach pojawiły się pompy parowe, a dziś są elektryczne. Chętnych do uprawiania żuławskich pól nie brakowało, chociaż powodzie niszczyły wszystko na swej drodze i powodowały wyludnienie Żuław.
Relacje z największych powodzi zachowały się do dziś
Najstarsza wzmianka o wiosennej powodzi na Żuławach pochodzi z 1328, kiedy to Wisła przerwała wały i zalewając Żuławy Gdańskie, dotarła aż do Gdańska. Kolejne powodzie notowano w latach 1526, 1540, 1543. Seria tragicznych wydarzeń miała miejsce również w XIX wieku. W 1840 roku zator lodowy spowodował spiętrzenie wód i wylanie rzeki. Znalazła ona drogę do morza, co spowodowało, że powstało jej nowe ramię, zwane Wisłą Śmiałą. Straty były znaczne. Powstanie Wisły Śmiałej niewiele zmieniło w zagrożeniu powodziowym. W latach 1855 i 1888 znowu nastąpiło zalanie Żuław Gdańskich.
Najbardziej niszczycielska powódź w dziejach Gdańska i okolicznych gmin położonych na nizinach i depresjach wystąpiła w 1829 roku. Zima była mroźna i wytworzyła się szczególnie gruba pokrywa lodu. 3 kwietnia ruszyły lody koło Warszawy, zwiększając napór na wody dolnej Wisły. Tu jednak lody ruszyły dopiero 6 kwietnia. Na odcinku od Torunia do Tczewa wały zostały przerwane w 77 miejscach, doszczętnie rozmywając niektóre odcinki. 8 kwietnia zator utworzył się koło Białej Góry, stan wody wynosił tylko 1,2 m poniżej ówczesnej korony wałów. Lody ruszyły, ale w nocy zawiał północno-wschodni orkan, który spiętrzył wodę w morzu do czterech metrów. 9 kwietnia o godzinie 4 nad ranem w pobliżu Giemlic wał nie wytrzymał. Długość wyrwy wynosiła około pół kilometra. W ciągu kilku godzin powstało wielkie rozlewisko, z którego wystawały czubki drzew i dachy domów. Niektóre wsie były zmywane w całości z powierzchni ziemi. Wody ruszyły w kierunku Gdańska. W tym czasie w mieście rozgrywała się tragedia. Woda zalała 75 procent jego ówczesnej powierzchni. Był wieczór 9 kwietnia 1829 roku, gdy nastąpiło uderzenie fali powodziowej. Woda niszczyła wszystko na swojej drodze - śluzy, rowy, mosty. Okolice Motławy były zalane aż po dachy domów, Długie Ogrody stały w wodzie o wysokości 1 m, całe Dolne Miasto „kąpało się” do wysokości drugiego piętra. Pnie drzew ze składów drewna spływały z potężnym nurtem, uszkadzając urządzenia portowe oraz podtopione budynki. Na domiar złego 11 kwietnia cały dzień trwała śnieżyca i wiał bardzo silny wiatr. Dopiero 13 kwietnia masy wody przerwały wydmy w Gdańsku Brzeźnie, ale woda wdzierała się przez przerwane wały aż do 18 kwietnia. Wszystkie domostwa na Stogach zostały zniszczone. Zginęło 30 osób i 6000 zwierząt hodowlanych oraz cały drobny inwentarz żywy. Znak wielkiej wody z 1829 zaznaczono na kościele w Trutnowych oraz w kilku miejscach w Gdańsku.
Przekop Wisły
Ratunkiem dla miasta, by Wisła nie przepłynęła przez Gdańsk okazał się przekop Wisły między Świbnem a Mikoszewem. Od 31 marca 1985 roku wody Wisły popłynęły prosto, bez zbędnych zakrętów. Od tego czasu nie było na Żuławach i w Gdańsku większych powodzi spowodowanych przez siły przyrody. Pod sam koniec II wojny światowej żuławskie wsie, od Pruszcza Gdańskiego do Cedrów Małych zostały zatopione przez Niemców - wojsko wysadziło wówczas wały. Zniszczone zostały wszystkie pompy na tym terenie. Osuszanie zalanych wsi trwało kilka lat.
Powódź w 2001 roku
Na skutek obfitych opadów, masy wody spływały z zabetonowanych osiedli do Kanału Raduni. Nie wytrzymały obwałowania w Świętym Wojciechu i na Oruni. Straty były wielkie, a władze samorządowe Gdańska i Pruszcza Gdańskiego zbudowały wiele zbiorników retencyjnych, które zatrzymują wodę, gdy jest jej zbyt wiele.