Skazani oficerowie w latach 1949-1951 znaleźli się w areszcie Głównego Zarządu Informacji Naczelnego Dowództwa Wojska Polskiego (po 1950 r. Głównego Zarządu Informacji Ministerstwa Obrony Narodowej), gdzie poddano ich wielomiesięcznemu, brutalnemu śledztwu. Najwyższy Sąd Wojskowy w Warszawie uznał, że oskarżeni „działali w zamiarze dokonania zamachu stanu w celu usunięcia przemocą naczelnych organów władzy ludowej i obalenia ustroju Państwa Polskiego”. Aby cel ten zrealizować mieli oni stworzyć w wojskach lotniczych „organizację dywersyjno-szpiegowską” stanowiącą element większej struktury obejmującej wszystkie rodzaje broni. Lotnicy zasiadający na ławie oskarżonych mieli w ramach tej organizacji prowadzić działalność szpiegowską polegającą na zbieraniu, gromadzeniu i przekazywaniu informacji „o stanie bojowym i politycznym jednostek lotniczych”. Oznaczało to np. dane dotyczące wyposażenia, planów modernizacyjnych, organizacji, szkolenia. Informacje te rzekomo przekazywano agentom „anglosaskich wywiadów”. Ważnym elementem aktu oskarżenia stał się fakt, iż czterech z oskarżonych (Ścibior, Jungraw, Michowski, Minakowski) w czasie wojny służyło w Polskich Siłach Zbrojnych na Zachodzie i to w Anglii mieli być zwerbowani do pracy wywiadowczej. Tę okoliczność planowano wykorzystać do ataku na środowiska emigracyjne. Sam proces był elementem szerokiej akcji oczyszczania szeregów wojska z oficerów o wątpliwej, z punktu widzenia władz, reputacji, związanych w kraju i na emigracji z rządem londyńskim.
W „procesie lotników”, podobnie jak w innych w tym okresie, nie posługiwano się klasycznym materiałem dowodowym. Prokurator ppłk. Jan Amons formułował zarzuty na podstawie zeznań składanych przez aresztowanych. Zeznań, które zostały wymuszone pod wpływem brutalnych metod śledztwa. Opór więźniów zwiększał intensywność i brutalność przesłuchań, a ulgę przynosiło jedynie przyznanie się do spreparowanych zarzutów. Aresztowanych „przekonywano” do odegrania wyznaczonych im w planie śledztwa ról, łudząc ewentualnym złagodzeniem kary, stąd też powszechne przyznania się do niepopełnionych zbrodni oraz wzajemne obciążanie się. Agant przebywający ze Ścibiorem w celi pisał w meldunku: „Mówi, że widzi, iż tutaj każdy musi zeznawać tak jak oni chcą, a reszta to jest kłamstwo.” Warto pamiętać, że stawką w tej grze było życie.
Bohaterem tych tragicznych wydarzeń był także oficer związanych z Lubelszczyzną –wspomniany wcześniej – komendant dęblińskiej Szkoły Orląt płk Ścibor. Przed wojną ukończył Szkołę Orląt w Dęblinie, a także Wyższą Szkołę Wojenną w Warszawie. W 1939 r. wśród licznej grupy przedostał się do Francji, a następnie do Wielkiej Brytanii. W Anglii dowodził jedną z eskadr 305 Dywizjonu Bombowego Ziemi Wielkopolskiej i Lidzkiej im. Marszałka Józefa Piłsudskiego i uczestniczył w misjach bojowych jako dowódca załogi dwusilnikowego ciężkiego bombowca Vickers Wellington. Został zestrzelony nad Belgią podczas powrotu z misji bojowej w 1941 r. i do zakończenia wojny przebywał w obozach jenieckich. Za zasługi bojowe odznaczono go Krzyżem Srebrnym Virtuti Militari. Po powrocie do Polski w marcu 1946 r. rozpoczął służbę w lotnictwie. W 1947 r. objął obowiązki komendanta Oficerskiej Szkoły Lotniczej w Dęblinie, które pełnił do chwili aresztowania 9 sierpnia 1951 r. W zasadzie od powrotu do kraju znajdował się pod obserwacją informacji wojskowej. Oskarżono go o przynależność do organizacji konspiracyjnej („grupy dywersyjno-szpiegowskiej”), do której miał wstąpić już w Anglii, zorganizowanie jej komórki na terenie Szkoły Orląt w Dęblinie, „zbieranie, gromadzenie i przekazywanie” „wiadomości z zakresu obronności Państwa”. Ścibior podobnie jak i inni skazani na karę śmierci utracił „prawa publiczne i obywatelskie prawa honorowe na zawsze”.
W tekście wyroku pojawiają się również inne tragiczne postacie czystek w wojsku w okresie stalinowskim np.: gen. Jerzy Kirchmayer (skazany na karę dożywotniego więzienia, po 1956 r. zwolniony), kmdr. Stanisław Mieszkowski (skazany na kare śmierci i zamordowany w 1952 r.), gen. Franciszek Skibiński (w 1952 r. skazany na karę śmierci, niewykonaną z powodu toczących się innych procesów, w którym miał uczestniczyć jako świadek, w 1956 r. został oczyszczony z zarzutów). Niektórym udało się uniknąć śmierci, ponieważ stali się potencjalnie ważni w innych procesach. Skazani w procesie lotników, po wyczerpaniu „procedur odwoławczych” (Bolesław Bierut „nie skorzystał z prawa łaski”), zostali zamordowani 7 sierpnia 1952 r. w więzieniu mokotowskim. Wszystkich skazanych w tym procesie Najwyższy Sąd Wojskowy w Warszawie uniewinnił w 1956 r., a w konkluzji wyroku stwierdził „w sprawie brak jest jakichkolwiek obiektywnych dowodów”.
W wyniku prac ekshumacyjnych i identyfikacyjnych szczątki płk. Ścibiora odnaleziono w kwaterze na Łączce Cmentarza Wojskowego na Powązkach (na Powązkach znajduje się od kilkudziesięciu lat jego symboliczny grób), a następnie w 2018 r. zidentyfikowano. Pośmiertnie awansowany został na stopień generała brygady. W listopadzie 2019 r., w obecności córek Barbary i Magdaleny, które po raz pierwszy od aresztowania generała w 1951 r. przyjechały do Dęblina, uroczyście pochowano go na terenie „Szkoły Orląt” obok Kościoła Rzymskokatolickiego Garnizonowego pw. Matki Boskiej Loretańskiej w Dęblinie.
