16 kwietnia 1939, na redzie bazy Horton, podniesiono polską banderę na okręcie. 18 kwietnia, w towarzystwie ORP "Burza", okręt przybył do Gdyni, gdzie dokończono prace wyposażeniowe. 1 września 1939 wyszedł w morze w ramach planu "Worek".
2 września, na północ od przylądka Rozewie wykonał atak torpedowy na niemiecki niszczyciel "Friedrich Ihn", który jednak uniknął trafienia. Kontratak za pomocą bomb głębinowych doprowadził do uszkodzenia okrętu podwodnego.
Wieczorem 3 września ORP "Sęp" został zaatakowany przez U-Boota U-14, ale wystrzelona przez przeciwnika torpeda eksplodowała przedwcześnie, uszkadzając jedynie kadłub lekki Sępa i zbiornik z paliwem. 4 września, z uwagi na poważne uszkodzenia i wyczerpanie załogi, skierował się w kierunku wód terytorialnych Szwecji. 17 września internowany w Stavnas (Szwecja), a następnie rozbrojony.
ORP "Sęp" podczas budowy w holenderskiej stoczni. [2]
(fot. NAC, Sygnatura: 1-W-2036)