Uniwersytet w Krakowie, który funkcjonował wówczas pod nazwą Studium Generale, powstał staraniem króla Kazimierza III Wielkiego 12 maja 1364. Był zatem drugim uniwersytetem, po uniwersytecie praskim, który powstał w tej części Europy. Śmierć króla w 1370 oraz brak zainteresowania u Ludwika Węgierskiego doprowadziła do zaniechania jego działalności.
W 1400 roku wznowił swoje nauczanie dzięki osobistym zabiegom królowej Jadwigi Andegaweńskiej na dworze papieskim w Awinionie. W swoim testamencie królowa zapisała krakowskiej uczelni swój majątek osobisty. Klejnoty królowej umożliwiły odnowienie uniwersytetu w pełnym kształcie, z czterema wydziałami typowymi dla średniowiecznych uniwersytetów. Spośród nich najważniejszy był wydział teologiczny, który dla każdego profesora był ukoronowaniem kariery naukowej. Uniwersytet Jagielloński był pierwszym uniwersytetem w Europie posiadającym samodzielne katedry matematyki i astronomii. Zostały one utworzone w 1406 roku.
W XV i na początku XVI wieku Akademia Krakowska przeżywała okres rozkwitu. Studiowali na niej także studenci zagraniczni. Wówczas to rektorami uczelni byli Stanisław ze Skalbmierza i Paweł Włodkowic. Znana była krakowska szkoła matematyczna i astrologiczna. W Krakowie studiował Mikołaj Kopernik, a także wielu późniejszych profesorów zachodnioeuropejskich.
Upadek Akademii Krakowskiej zaczął się już w dobie humanizmu około 1460 roku. Pierwsze reformy dyscyplinarne potrzebne były już w latach 1480, 1485 i 1491. Biskup krakowski Jan Konarski i synody prowincjonalne w latach 1505, 1510 i 1523 oraz papież Leon X domagali się reformy akademii poprzez rozszerzenie nauczania nauk przyrodniczych i humanistycznych oraz wprowadzenie greki i języka hebrajskiego.
Wprawdzie pod koniec XVI wieku studiowały tu jeszcze takie znakomitości jak Jan Kochanowski, Andrzej Frycz Modrzewski, Marcin Kromer czy Mikołaj Rej, ale upadek uniwersytetu się pogłębiał.
W połowie XVIII wieku pojawiły się pierwsze reformy. Wprowadzono m.in. systematyczne nauczanie języków niemieckiego i francuskiego, wykłady na temat prawa polskiego, geografii i inżynierii wojskowej. W roku 1748 powstała katedra prawa natury. Niepowodzeniem skończyły się za to starania o sprowadzenie do Krakowa wykładowców z zagranicy.
Rozbiory Polski postawiły pod znakiem zapytania dalsze funkcjonowanie uniwersytetu. Po wkroczeniu wojsk austriackich podjęto decyzję o jego zamknięciu i dopiero interwencja w Wiedniu uchroniła go od takiego losu.
Dopiero przyznanie autonomii Galicji w ramach monarchii austro-węgierskiej przyniosło także poprawę sytuacji uniwersytetu. W międzyczasie zmieniono nazwę na Uniwersytet Jagielloński - funkcjonującą do dziś.
Na początku XX wieku studiowało na Uniwersytecie Jagiellońskim około 3 tysięcy studentów, w tym także pierwsze kobiety, które mogły podjąć studia dopiero w 1894, najpierw na wydziale farmacji, a później i innych. Legendarną pierwszą studentką pozostaje jednak Nawojka, która podobno używała męskiego przebrania.
W okresie międzywojennym rozbudowano uniwersytet, powstał m.in. nowy gmach Biblioteki Jagiellońskiej. Wybuch wojny był najtrudniejszym momentem historii uniwersytetu. 6 listopada 1939, pod pretekstem wykładu, okupanci zaprosili profesorów i asystentów uniwersytetu, których aresztowano w liczbie 144 i zesłano do obozu koncentracyjnego.
Przełom 1956 wpłynął też na poprawę sytuacji uniwersytetu. Przy okazji jubileuszu 600-lecia założenia Uniwersytetu Jagiellońskiego powstało wiele nowych budynków uniwersyteckich (m.in. Collegium Paderevianum).
Oprac. na podstawie artykułu z Wikipedii, autorstwa, udost. na licencji CC-BY-SA 3.0